מספר גורמים דורשים תשומת לב בעת שימוש במכשיר ליצירת חמצן ממי חמצן. ראשית, יש לבדוק את אטימות המנגנון לפני תחילת הניסוי; אם יש דליפה, יהיה קשה לאסוף כמות מספקת של חמצן, גם אם התגובה תתנהל כרגיל. שנית, כל החיבורים בין הרכיבים חייבים להיות מאובטחים, ומבטיחים שצינורות ההספקה לא ייחסמו או יתנתקו.
בעת הוספת תמיסת מי חמצן, יש לשלוט בכמות וקצב ההוספה בהתאם לדרישות הניסוי. אם התגובה ממשיכה מהר מדי, נפח גדול של גז עלול להיווצר בפתאומיות, להכניס נוזל לתוך צינור ההספקה או אפילו לגרום לתאונה. לכן, אם צריך לווסת את קצב התגובה, יש להשתמש במנגנון המאפשר הוספה איטית של נוזל.
צריך גם להישאר מודע לתכונות התומכות-של הבעירה של החמצן במהלך הניסוי. חמצן שנאסף לא אמור לבוא במגע עם להבות פתוחות, מכיוון שהדבר עלול להגביר את הבעירה. עם השלמת הניסוי, אם נעשה שימוש בשיטת עקירת המים לאיסוף, יש לבצע את ההליך בסדר הנכון כדי למנוע מהמים מהשוקת להישאב בחזרה לתוך כלי התגובה.
יתר על כן, למרות שמנגן דו חמצני מאיץ את התגובה, הוא אינו מגיב בעצמו וניתן לשחזר אותו בשיטות מתאימות לאחר הניסוי. הקפדה על נהלי הפעלה נאותים לא רק מבטיחה את סיומו המוצלח של הניסוי אלא גם מסייעת בטיפוח מודעות בטיחות והרגלי ניסוי מדעיים טובים.
